在整个PCR体系中，引物占有十分重要的地位。PCR的特异性要求引物与靶DNA特异结合，不与其他非目的的DNA结合，PCR的灵敏性要求DNA聚合酶能与引物进行有效的延伸，可见引物设计好坏与PCR结果密切相关。

一、方法不同

1、普通pcr引物设计：引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。

2、荧光定量pcr引物设计：通过荧光染料或荧光标记的特异性探针，标记跟踪PCR产物进行实时监测反应，利用与之相适应的软件对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度

二、原理不同

1、普通pcr引物设计：为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。

2、荧光定量pcr引物设计：在PCR反应体系中加入荧光基团，通过荧光信号不断累积而实现实时监测PCR全程，然后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在实时荧光定量PCR中，对全程PCR扩增过程进行实时检测，根据反应时间和荧光信号的变化可以绘制成一条曲线。

三、注意事项不同

1、普通pcr引物设计：引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。产物不能形成二级结构。引物长度在15~30碱基之间。

2、荧光定量pcr引物设计：实时荧光定量 PCR 仪应安放在湿度较低、灰尘较少、远离水池的平稳台面上，不能有强光直射，室内应通风良好，无腐蚀性气体