蛋白酶抑制剂从广义上指与蛋白酶分子活性中心上的一些基团结合，使蛋白酶活力下降，甚至消失，但不使酶蛋白变性的物质。从放线菌发酵液中分离到亮肽素、抗痛素、糜蛋白酶抑素、抑弹性蛋白酶醛、抑胃蛋白酶素、磷酰胺素等，能分别抑制胰蛋白酶、木瓜蛋白酶、糜蛋白酶、弹性蛋白酶、胃蛋白酶、金属蛋白酶等各种蛋白酶。都属于蛋白酶抑制剂。

蛋白酶抑制剂的作用特点：
是基于肽类的化合物，它们或竞争性抑制蛋白酶活性或作为互补蛋白酶活性点的抑制剂。这类药物能抑制蛋白酶的活性，其主要作用于艾滋病病毒复制的后阶段，由于蛋白酶被抑制，使之从感染的CD4细胞核中形成DNA不能聚集和释放。

蛋白酶抑制剂的作用机制：
HⅣ等逆转录病毒基因编码的前体蛋白需要在蛋白酶作用下裂解为功能性结构蛋白才能装配成完整病毒颗粒。蛋白酶抑制剂可与病毒蛋白酶催化基因结合抑制酶活性，导致蛋白前体不能裂解和形成成熟病毒体。
 

蛋白酶抑制剂的相互作用：
该品可与利托那韦结合使用以提高药效，用于治疗用其他抗逆转录病毒疗法治疗无效的HⅣ。
破碎细胞提取蛋白质的同时可释放出蛋白酶，这些蛋白酶需要迅速的被抑制以保持蛋白质不被降解。在蛋白质提取过程中，需要加入蛋白酶抑制剂以防止蛋白水解。以下列举了5种常用的蛋白酶抑制剂和他们各自的作用特点，因为各种蛋白酶对不同蛋白质的敏感性各不相同，因此需要调整各种蛋白酶的浓度。由于蛋白酶抑制剂在液体中的溶解度极低，尤其应注意在缓冲液中加人蛋白酶抑制剂时应充分混匀以减少蛋白酶抑制剂的沉淀。

蛋白酶抑制剂的作用机制：
在生物化学和分子生物学层面上来讲：

1、结构基础的抑制：蛋白酶抑制剂可以通过模拟蛋白酶的自然底物（通常是特定的肽序列）来设计。这些抑制剂在分子水平上与蛋白酶的活性位点或底物结合区域相互作用，形成稳定的复合物。这种相互作用通常涉及氢键、疏水相互作用、范德华力以及在某些情况下，共价键的形成。

2、动态调控和反馈抑制：在代谢途径中，蛋白酶的活性常常受到其产物或其他信号分子的反馈抑制。这是一种生物学上的调节机制，用于保持细胞内代谢的平衡。例如，某些代谢途径中，当终产物的浓度增加时，它可以与途径上游的某个酶结合，改变其构象，减少其活性，从而减缓生产速率。

3、转录层面的调控：有些蛋白酶抑制剂的表达受到转录因子的控制，这些转录因子响应细胞内外的信号。例如，炎症信号可以促进某些蛋白酶抑制剂的合成，作为对炎症反应的负反馈机制。

4、共价修饰：不可逆蛋白酶抑制剂通常通过与蛋白酶的活性位点残基形成共价键的方式产生作用。这类抑制剂包括自然界中的毒素和药物设计中合成的分子，如丝氨酸蛋白酶抑制剂中的DIPF（二异丙基氟磷酸酯），它通过与丝氨酸残基的羟基形成共价键而发挥作用。

5、活性位点的遮蔽：一些大分子抑制剂（如蛋白质或多肽）可能通过物理上遮蔽蛋白酶的活性位点，阻止底物接近，从而抑制酶的活性。这种遮蔽可以涉及蛋白质-蛋白质的复杂相互作用，要求抑制剂精确地与蛋白酶的表面结合。

6、底物模仿和过渡态类似物：一些高效的蛋白酶抑制剂模仿蛋白酶的底物或其过渡态（即底物转化为产物过程中的瞬态结构）。这些模仿物与蛋白酶结合的亲和力远远超过天然底物，因为它们利用了酶的过渡态复合体的高亲和力。这些抑制剂设计的核心是理解酶催化机制中的过渡态特征。

7、烯醇化学抑制剂：特别是在处理类丙酮酸蛋白酶时，设计可以模仿烯醇中间体的抑制剂是一种策略。这些抑制剂对应的是蛋白酶催化机制中的高能过渡态，从而与酶形成非常稳定的复合物。

8、调节性抑制剂：有些蛋白酶抑制剂可以调节蛋白酶在细胞内的定位、分解或合成。例如，IAP（抑制凋亡蛋白）家族可以抑制在凋亡途径中起作用的蛋白酶，如半胱氨酸蛋白酶。