在复性过程中引物与DNA模板链的结合是由碱基互补配对原理完成的。CR需要模板和酶，每一次循环都需要。酶的数量是固定的，但模板在每一次的延伸就一次用完就没了。PCR反应参数包括变性温度和时间、复性温度和时间、延伸温度和时间、循环数四方面，在PCR反应过程中都发挥着至关重要作用。

       循环次数过多，并不会计产物也随之过度增加。因为再次循环都有高温到低的温度变化，聚合酶的活性有限，而且一般体系中引物和原料的量也不会是无限供应的。
      另外循环次数过多，产物间可能会形成较为复杂的结构，影响其作为模板的效率，因此循环次数不是越多越好，一般PCR反应的循环不超过35次。

      PCR循环数通常约为 30 个，循环次数过多，虽然可以在一定程度上增加产品的数量，但由于反应时间长，一些非特异性产品的扩增也会相应增加，并且随着酶扩增能力的降低，合成靶片段的能力也会降低，这也可能引起其他非特异性扩增。

      DNTP也将被消耗，如果一个dNTP消耗很多，后续的扩增将不可避免地导致不匹配。因此，如果产品足够用于后续分析，循环时间将不会过度延长。在选定的变性温度下，DNA分子越长，完全分离两条链所需的时间就越长。如果变性温度太低或时间太短。

    通常只有模板DNA中富含AT的区域被变性，在PCR的第一个周期中，有时变性时间通常设计为 5 min，以增加大分子模板DNA也称为预变性完全变性的可能性。当模板DNA的G ＋ C含量超过 55％ 时，需要更高的变性温度，源自古细菌的DNA聚合酶比TaqDNA聚合酶对高温的抵抗力更高。

      因此，它更适合扩增富含GC的DNA模板，复性过程中使用的温度比如：I．E．退火 是至关重要的，如果复性温度过高，寡核苷酸引物不能用模板很好地复性，扩增效率将非常低。从这个角度来看，绝大多数扩增产品应该是特异性扩增产品，而非特异性扩增产品太低而无法检测。